Epidemiological Characterization of Patients in the First Eight Weeks Following Detection of SARS-CoV-2 B.1.1.529 (omicron) Variant in Cuba.

INTRODUCTION: In November 2021, omicron-a new SARS-CoV-2 variant-was identified in South Africa and almost immediately, WHO declared it a 'variant of concern'. In view of its rapid worldwide spread and its imminent introduction in Cuba, genomic surveillance was strengthened. OBJECTIVE: Describe cases during the first eight epidemiological weeks (epiweeks) of SARS-CoV-2 infection attributable to omicron variant in Cuba by clinical and epidemiological variables. METHODS: From epiweek 48, 2021 to epiweek 4, 2022, 288 nasopharyngeal swabs were processed for sequencing of a 1836 bp fragment of the S gene. Variants were identified according to GISAID database and confirmed by phylogenetic analysis. Variants' association with clinical and epidemiological outcomes was assessed. RESULTS: The first cases of omicron variant were imported, mostly from African countries and the United States. During the period studied, omicron was detected in 83.0% (239/288) of cases processed, while the delta variant was found in 17.0% (49/288). Most persons infected with omicron were symptomatic (63.2%; 151/239) and fully vaccinated (65.3%; 156/239); severe cases and deaths occurred mainly among patients aged ≥65 years (92.9%; 13/14), and 12 of these deaths occurred in fully vaccinated persons (92.3%; 12/13). Omicron spread rapidly throughout the country (from 10% of cases in epiweek 48, 2021, to 100% by epiweek 4, 2022), displacing the formerly predominant delta variant. CONCLUSIONS: Omicron's rapid expansion in Cuba was associated with increased incidence but not with a higher case fatality rate. The relatively milder disease in those infected with this variant could be influenced by the high vaccination coverage, along with the natural immunity acquired as a consequence of previous virus infection.

Evaluation of seven SARS-CoV-2 rapid IgM/IgG tests

RESUMEN Introducción: A finales de 2019, se detectó un nuevo coronavirus en China que provocó una enfermedad respiratoria aguda conocida como COVID-2019. Objetivo: Evaluar siete sistemas comerciales para la detección rápida de anticuerpos para determinar su sensibilidad, especificidad y robustez en nuestras condiciones para ser utilizados por el Sistema Nacional de Salud. Métodos: Se evaluaron siete sistemas para la detección de anticuerpos IgM/IgG. Se conformó un panel de evaluación con muestras de individuos negativos, sueros de otras afecciones previas a la pandemia y de pacientes positivos con la enfermedad. Resultados: Las cifras de sensibilidad general oscilan entre el 25 % y el 88 %, siendo los sistemas Realy Tech y Deep Blue los que mostraron los mejores resultados. La especificidad para ambos fue del 100 %. La tasa de IgM positiva según Realy Tech o Deep Blue aumentó a 94,1 % o 81,8 % en la etapa tardía de la enfermedad. Conclusiones: Los sistemas Realy Tech y Deep Blue detectaron IgM/IgG en suero y en sangre total con adecuada sensibilidad y especificidad. La reactividad cruzada no parece ser un problema. La serología en el caso de COVID-19 no puede utilizarse como diagnóstico pero permite a la vigilancia epidemiológica conocer el estado inmunológico de las poblaciones. Es fundamental analizar la respuesta inmune frente a la infección para realizar la caracterización epidemiológica y potencialmente informar el riesgo individual de futuras enfermedades y el estudio de posibles vacunas.

ABSTRACT Introduction: In late 2019, a new coronavirus was detected in China causing an acute respiratory illness known as COVID-2019. Objective: Evaluate seven commercial systems for the rapid detection of antibodies to determine their sensitivity, specificity and robustness in our conditions to be used by the National Health System. Methods: Seven systems were evaluated for the detection of IgM/IgG antibodies. Evaluation panel with samples from negative individuals, sera from other pathologies prior to the pandemic and from positive patients with the disease were conformed. Results: General sensitivity figures range between 25 and 88%, with the Realy Tech and Deep Blue systems showed the best results. The specificity for both was 100%. The IgM positive rate according to Realy Tech or Deep Blue increased to 94.1 or 81.8% in the late stage of the disease. Conclusions: Realy Tech and Deep Blue systems detected IgM/IgG in serum and in whole blood with adequate sensitivity and specificity. Cross-reactivity does not seem to be a problem. Serology in the case of COVID-19 cannot be used as a diagnostic but it allows epidemiological surveillance to know the immune status of populations. It's essential to analyze the immune response against the infection to carry out epidemiological characterization and potentially inform individual risk of future disease and the study of potential vaccines.

Caracterización clínico epidemiológica de la gastroenteritis por rotavirus. Estudio piloto. Hospital Pediátrico de Centro Habana. Noviembre 2017- abril 2018 / Clinical epidemiological characterization of rotavirus gastroenteritis. Pilot study. Paediatric Hospital of Centro Habana

La gastroenteritis causada por rotavirus constituye un importante problema de salud mundial, por lo que se recomienda incluir la vacunación contra el rotavirus en los programas de inmunización. Para evaluar el impacto de una futura introducción en Cuba de una vacuna contra este patógeno, resulta necesario crear una línea de base pre-vacunación de la carga de la gastroenteritis causada por este virus. Entre noviembre 2017 a abril 2018 se implementó en el Hospital Pediátrico de Centro Habana un sistema de vigilancia para la gastroenteritis causada por rotavirus. Se establecieron las definiciones para las categorías de caso sospechoso, probable y confirmado. Por cada niño captado se recogió una muestra de heces que se analizó con tiras rápidas y se confirmó la presencia de rotavirus por ELISA. Para determinar la severidad de la enfermedad se utilizó la escala de Vesikari. Los resultados fueron expresados en cifras absolutas y relativas, el análisis se realizó a través de la prueba de chi-cuadrado. Del total de ingresos por enfermedad diarreica aguda, el 26 por ciento cumplió los criterios de inclusión y el 46 por ciento resultó confirmado como rotavirus. El hacinamiento en el hogar y asistir al círculo infantil se comportaron como factores de riesgo. El servicio de gastroenterología absorbió la mayor carga de ingresos hospitalarios por esta causa. Los resultados mostrados validan la funcionalidad del sistema de vigilancia implementado y brindan nuevas evidencias sobre la carga de la enfermedad y la utilización de los servicios de un hospital pediátrico cubano, debido a la gastroenteritis provocada por rotavirus, lo que justifica la introducción de la vacuna(AU)

Gastroenteritis caused by rotavirus is a major global health problem, therefore it is recommended that vaccination against rotavirus be included in immunization programs. To evaluate the impact of a future introduction in Cuba of a vaccine against this pathogen, it is necessary to have a pre-vaccination baseline of the burden of gastroenteritis caused by rotavirus. Between November 2017 and April 2018, a surveillance system for gastroenteritis caused by rotavirus was implemented in the Paediatric Hospital of Centro Habana. Definitions were established for the categories of suspected, probable and confirmed cases. For each captured child, stool samples were collected, analyzed with rapid strips and confirmated by ELISA. To determine the severity of the disease, the Vesikari score was used. The results were expressed in absolute and relative figures; the analysis was performed through chi-square. Of the total admissions for acute diarrheal disease, 26 percent met the inclusion criteria and 46 percent were confirmed for rotavirus. Overcrowding at home and attending a day care center were risk factors. The gastroenterology service absorbed the greatest burden of hospital admissions for this cause. The results shown validate the role of the implemented surveillance system and provide new evidence on the burden of disease and use of services for rotavirus gastroenteritis in a cuban pediatric hospital(AU)

Normalización de un ELISA de captura para la detección de anticuerpos de tipo IgM al virus de la parotiditis / Standardization of a capture ELISA for detection of IgM antibodies to parotiditis virus

Introducción: la parotiditis es una enfermedad contagiosa aguda, que afecta fundamentalmente a los niños en edad escolar entre 5 y 14 años y requiere de técnicas rápidas para su diagnóstico. Objetivos: se normalizó un ELISA de captura para la detección de anticuerpos de tipo IgM al virus de la parotiditis y se comparó con la inhibición de la hemaglutinación. Métodos: se estudiaron 177 monosueros y 285 pares de suero que procedían de la vigilancia seroepidemiológica al virus de la parotiditis, enviados por las diferentes provincias del país en el período comprendido entre enero 2004-diciembre 2006. Fueron analizados con la técnica de inhibición de la hemaglutinación y se emplearon en la normalización del sistema. Se determinó la precisión del ensayo y se realizó el estudio de la reactividad cruzada a otros agentes virales. Resultados: al evaluar el sistema, se obtuvieron valores de sensibilidad de 98,9 por ciento, especificidad 98,5 por ciento y concordancia 98,7 por ciento; se encontró una buena relación en los valores del coeficiente de variación intraensayo e interensayo en todos los casos estudiados. No se observó reactividad cruzada con otros agentes infecciosos. Conclusiones: este sistema demostró ser de gran utilidad para el diagnóstico temprano de la parotiditis, resultó ser más sensible y rápido que la inhibición de la hemaglutinación.

Background: parotiditis is an acute contagious disease that mainly affects children aged 5-14 years and requires rapid diagnostic techniques. Objectives: a capture ELISA was standardized to detect IgM antibodies to parotiditis virus and this method was compared with hemagglutination inhibition. Methods: one hundred and seventy seven monosera and 285 serum pairs sent by the different provinces from January 2004 to December 2006, as part of the seroepidemiological surveillance of the parotiditis virus, were studied. They were analyzed by the hemagglutination inhibition technique and used for the system standardization. Accuracy of the test was determined and the cross reactivity to other viral agents was also studied. RESULTS: the system evaluation yielded 98.9 percent sensitivity, 98.5 percent specificity and 98.7 percent concordance; good relation was found in the variation coefficient values intra-assays and inter-assay for all the studied cases. No cross reactivity was observed with other infectious agents. Conclusions: this system proved to be useful for the early diagnosis of parotiditis, more sensitive and rapid than the hemagglutination inhibition.

Normalización de un ELISA de captura para la detección de anticuerpos de tipo IgM al virus de la parotiditis / Standardization of a capture ELISA for detection of IgM antibodies to parotiditis virus

Introducción: la parotiditis es una enfermedad contagiosa aguda, que afecta fundamentalmente a los niños en edad escolar entre 5 y 14 años y requiere de técnicas rápidas para su diagnóstico. Objetivos: se normalizó un ELISA de captura para la detección de anticuerpos de tipo IgM al virus de la parotiditis y se comparó con la inhibición de la hemaglutinación. Métodos: se estudiaron 177 monosueros y 285 pares de suero que procedían de la vigilancia seroepidemiológica al virus de la parotiditis, enviados por las diferentes provincias del país en el período comprendido entre enero 2004-diciembre 2006. Fueron analizados con la técnica de inhibición de la hemaglutinación y se emplearon en la normalización del sistema. Se determinó la precisión del ensayo y se realizó el estudio de la reactividad cruzada a otros agentes virales. Resultados: al evaluar el sistema, se obtuvieron valores de sensibilidad de 98,9 por ciento, especificidad 98,5 por ciento y concordancia 98,7 por ciento; se encontró una buena relación en los valores del coeficiente de variación intraensayo e interensayo en todos los casos estudiados. No se observó reactividad cruzada con otros agentes infecciosos. Conclusiones: este sistema demostró ser de gran utilidad para el diagnóstico temprano de la parotiditis, resultó ser más sensible y rápido que la inhibición de la hemaglutinación(AU)

Background: parotiditis is an acute contagious disease that mainly affects children aged 5-14 years and requires rapid diagnostic techniques. Objectives: a capture ELISA was standardized to detect IgM antibodies to parotiditis virus and this method was compared with hemagglutination inhibition. Methods: one hundred and seventy seven monosera and 285 serum pairs sent by the different provinces from January 2004 to December 2006, as part of the seroepidemiological surveillance of the parotiditis virus, were studied. They were analyzed by the hemagglutination inhibition technique and used for the system standardization. Accuracy of the test was determined and the cross reactivity to other viral agents was also studied. RESULTS: the system evaluation yielded 98.9 percent sensitivity, 98.5 percent specificity and 98.7 percent concordance; good relation was found in the variation coefficient values intra-assays and inter-assay for all the studied cases. No cross reactivity was observed with other infectious agents. Conclusions: this system proved to be useful for the early diagnosis of parotiditis, more sensitive and rapid than the hemagglutination inhibition(AU)

[Comparative study between 2 conjugates for the diagnosis of rabies in Cuba by direct immunofluorescence]. / Estudio comparativo entre 2 conjugados para el diagnóstico por inmunofluorescencia directa de la rabia en Cuba.

A comparison was made between the conjugate of national production made by "Carlos J. Finlay" Enterprise of Biological Products for diagnosing rabies by direct immunofluorescence and the viral antinucleocapsid conjugate manufactured by BIORAD that is commercialized at the international level. 150 samples of brain from different animal species were studied at the Rabies Reference Laboratory of "Pedro Kouri" Institute of Tropical Medicine from 2000 to 2002. On comparing both conjugates, there were obtained sensibility, specificity and concordance values of 100%, 94.3% and 98%, respectively. The discordant results were analyzed by the polymerase chain reaction and the biological test in mice.

Evaluación de un ultramicroELISA para la detección de la infección por el virus sincitial respiratorio / Evaluation of an ultramicroELISA assay for the detection of infection by the respiratory syncytial virus

Objetivo. El presente trabajo tuvo como objetivo la evaluación de un ensayo de ultramicroELISA (UME) de doble anticuerpo para la detección rápida de anticuerpos IgG al Virus Sincitial Respiratorio (VSR) en monosueros y muestras de sueros pareados. Materiales y métodos. Se evaluaron 1567 muestras de suero por las técnicas de UME y Fijación de Complemento (FC), de ellas 619 eran monosueros de niños menores de 15 años y 474 pares pertenecientes al Programa Nacional de Vigilancia Seroepidemiológica de las Infecciones Respiratorias Agudas. En el UME de doble anticuerpo se utilizó un anticuerpo monoclonal específico a la proteína F del VSR. Resultados. Para los monosueros el UME con respecto a la FC mostró una sensibilidad de 98.9 por ciento, una especificidad de 56.05 por ciento y una coincidencia de 63.9 por ciento. Para los sueros pares la sensibilidad fue de 92.7 porciento, mientras que la especificidad y la coincidencia aumentaron aun 79.3 por ciento y 80.1 por ciento respectivamente. Conclusiones. La utilización del anticuerpo monoclonal permitió la inclusión de preparaciones antigénicas crudas en lugar de fracciones purificadas, disminuyendo notablemente la reactividad obtenida con el control de antígeno. Los resultados obtenidos respaldan la utilización de este método como una herramienta complementaria en estudios seroepidemiológico a gran escala y con fines diagnósticos